KNN-MDR: a learning approach for improving interactions mapping performances in genome wide association studies

Background Finding epistatic interactions in large association studies like genome-wide association studies (GWAS) with the nowadays-available large volume of genomic data is a challenging and largely unsolved issue. Few previous studies could handle genome-wide data due to the intractable difficulties met in searching a combinatorial explosive search space and statistically evaluating epistatic interactions given a limited number of samples. Our work is a contribution to this field. We propose a novel approach combining K-Nearest Neighbors (KNN) and Multi Dimensional Reduction (MDR) methods for detecting gene-gene interactions as a possible alternative to existing algorithms, e especially in situations where the number of involved determinants is high. After describing the approach, a comparison of our method (KNN-MDR) to a set of the other most performing methods (i.e., MDR, BOOST, BHIT, MegaSNPHunter and AntEpiSeeker) is carried on to detect interactions using simulated data as well as real genome-wide data. Results Experimental results on both simulated data and real genome-wide data show that KNN-MDR has interesting properties in terms of accuracy and power, and that, in many cases, it significantly outperforms its recent competitors. Conclusions The presented methodology (KNN-MDR) is valuable in the context of loci and interactions mapping and can be seen as an interesting addition to the arsenal used in complex traits analyses

Semen quality of stress negative Piétrain and Duroc boars in the tropics: the case of Vietnam

This study was carried out in Dong Hiep pig farm, North of Vietnam in order to evaluate the semen quality of stress negative Piétrain and Duroc boars. A total of 722 ejaculates from 13 homozygous (CC), 7 heterozygous (CT) stress negative Piétrain and 10 Duroc CC boars was collected between 2008 and 2012. The sperm quality was assessed on each ejaculate using ejaculate volume (VOL), spermatozoa motility (MO), sperm concentration (CO) and total number of spermatozoids (NT). Genetic type of boars, season, year and (season x year) as well as (genetic type x year) interactions were included in the model as fixed factors. The results show that the semen quality was influenced by all studied effects (p<0.05) except VOL for season (p=0.45) and season x year (p=0.55), and CO for genetic type (p=0.93). VOL and NT (291.74ml and 103.37×109spz) of Piétrain CC were higher than those (241.40ml and 84.58×109spz) of Piétrain CT and (228.05ml and 77.15×109spz) of Duroc (p<0.001) although the values of the 3 genetic groups are in the range of normal semen. MO, CO and NT tend to be higher in cold than in hot season (p<0.001). These results suggest that semen from Piétrain and Duroc boars could be used in tropical climatic conditions (particularly Piétrain CC) and that the semen quality could be improved through reduction of heat stress

Evaluation morphométrique des chevaux pur-sang Arabe en Algérie: mensurations corporelles et proposition d’équations barymétriques

Cette étude vise à la caractérisation morphobiométrique des chevaux de course pur-sang arabe et à l’estimation d’équations barymétriques adaptées à cette race. La caractérisation a concerné 98 chevaux, dont 44 femelles et 54 mâles, tous âgés de trois ans et plus, auprès de 77 propriétaires-éleveurs dans 3 hippodromes d’Algérie (Zemmouri, Tiaret et Caroubier). Dix-neuf mensurations étaient relevées ainsi que le poids vif (PV). Le poids moyen est de 456,2 +/- 43,0 kg, variant de 335 kg à 545 kg. La sélection des variables à inclure dans les équations barymétriques a été réalisée à l’aide de la procédure stepwise du SAS. Quatre mensurations parmi les 19 réalisées ont été retenues pour la proposition d’équations d’estimation du poids vif des chevaux : le périmètre thoracique (PT), la hauteur à la croupe (HC), la longueur de l’encolure (LE) et le tour de l’encolure (TE). Ainsi, les équations proposées pour les mâles et pour les femelles sont respectivement de : PV= 7,024*PT - 787,119 (R²=0,99); PV=6,207*PT + 0,633*HC + 0,668*TE - 0,878*LE - 746,370 (R²=0,96). Les résultats de cette étude devraient permettre aux propriétaires-éleveurs et entraineurs de suivre aisément le poids de leurs chevaux. Ce suivi est nécessaire pour adapter l’activité et l’alimentation des chevaux et favoriser leur performance en course

Growth performance and sperm quality of stress negative Piétrain boars and their hybrids with Duroc

peer reviewedThis study was conducted to evaluate the effects of genetic background and season on growth performance and semen quality of boars. Five genetic groups were evaluated, including stress-negative Piétrain boars with CC (PiCC) or CT (PiCT) halothane genotypes, and Piétrain x Duroc hybrid boars with various compositions (25% (PiDu25), 50% (PiDu50) or 75% (PiDu75) of Piétrain origin). The results showed that genetic group has a significant effect on growth performance and semen quality. The hybrid boars PiDu25, PiDu50 and PiDu75 had better growth rate, but lower lean meat in comparison with pure stress-negative Piétrain, except PiDu75 boars. PiDu25, PiDu50 and PiCC boars demonstrated high semen quality. A season effect was observed on most of semen quality traits of pure stress-negative Piétrain as well as hybrid boars with different genetic constitution. Sperm concentration was lower in Summer and Autumn, higher in Winter and Spring. The Piétrain x Duroc hybrid boars, especially PiDu75 seem to be promising as terminal boars

Les ressources génétiques ovines en Algérie

Avec un cheptel avoisinant les 19 millions de têtes, l'élevage ovin occupe une place importante en Algérie. Outre sa contribution de plus de 50 % dans la production nationale de viandes rouges et de 10 à 15% dans le produit intérieur brut agricole, l’élevage ovin joue un rôle socioculturel important. Il se pratique dans toutes les zones climatiques, depuis la côte méditerranéenne jusqu'aux oasis du grand Sahara. Cette diversité pédoclimatique du plus grand pays africain offre à l’Algérie une extraordinaire diversité de races ovines, avec huit races caractérisées par une rusticité remarquable, adaptées à leurs milieux respectifs. Avec 63% du cheptel ovin total, la race Ouled Djellal, aussi appelée la race Blanche, est la plus importante race ovine algérienne. Elle est exploitée principalement pour la production de viande. La race Berbère représentant un quart du cheptel ovin national, est considérée comme la plus ancienne race algérienne. Elle est menacée par les croisements non-contrôlés avec d’autres races pour l’amélioration de son potentiel productif. La troisième race ovine très importante est la Rmbi avec 11,1% du cheptel national, considérée comme la plus lourde race ovine en Algérie avec des poids avoisinants les 90 kg chez le bélier et 60kg chez la brebis. Les races Hamra, Barbarine, D'man, Sidahou et Tazegzawt représentent ensemble moins de 1% du cheptel ovin algérien. Le déclin de ces populations illustre l’érosion dramatique que subit cette richesse exceptionnelle, appelant à la mise en place d’un plan national de gestion et de conservation des ressources génétiques

Viral glycoprotein gp150 promotes sexual transmission of Murid Herpesvirus-4

Gammaherpesviruses are important pathogens in human and veterinary medicine. During co-evolution with their hosts, they developed many strategies allowing them to shed infectious particles in presence of immune response. Understanding these strategies is likely to be important to control infection. Interestingly, we recently observed that Murid herpesvirus 4 (MuHV-4), a gammaherpesvirus infecting laboratory mice, could be sexually transmitted between mice. This model offers therefore the opportunity to understand the mechanisms underlying natural transmission. Some of these mechanisms could rely on the glycoprotein 150 (gp150), which could limit virus neutralization and promote the release of infectious particles from cells. In this study, we tested therefore the importance of gp150 in the context of MuHV-4 sexual transmission. Briefly, female mice were infected with WT or gp150- strains expressing luciferase. They were imaged with an in vivo imaging system to follow infection. When lytic replication was observed in the genital tract, infected females were mated with naïve males to compare the capacity of transmission of the two strains. Our results show that, while the gp150- strain has no deficit in reaching and replicating in the female genital tract, it displays a major deficit of sexual transmission in comparison with WT virions. Interestingly, this deficit appears to reflect a deficit of virions release from vaginal epithelial cells. Altogether, our results show that, while gp150 is not required for efficient dissemination and maintenance of MuHV-4 within its host, it is essential for efficient transmission, by promoting the releasing of infectious particles from the mucosal cells

A Rank-Based Nonparametric Method for Mapping Quantitative Trait Loci in Outbred Half-Sib Pedigrees: Application to Milk Production in a Granddaughter Design

We describe the development of a multipoint nonparametric quantitative trait loci mapping method based on the Wilcoxon rank-sum test applicable to outbred half-sib pedigrees. The method has been evaluated on a simulated dataset and its efficiency compared with interval mapping by using regression. It was shown that the rank-based approach is slightly inferior to regression when the residual variance is homoscedastic normal; however, in three out of four other scenarios envisaged, i.e., residual variance heteroscedastic normal, homoscedastic skewed, and homoscedastic positively kurtosed, the latter outperforms the former one. Both methods were applied to a real data set analyzing the effect of bovine chromosome 6 on milk yield and composition by using a 125-cM map comprising 15 microsatellites and a granddaughter design counting 1158 Holstein-Friesian sires

L’élevage caprin dans la région montagneuse d’Ath Waghlis dans la wilaya de Bejaia: typologie et caractérisation morpho-biométrique

Le cheptel caprin algérien est estimé à 3,8 millions de têtes dont 2,2 millions de femelles adultes. Comptant 400000 têtes, la race caprine kabyle représente un dixième du cheptel national. Afin de caractériser cette race et son élevage dans la région d’Ath Waghlis, une enquête a été menée auprès de 69 éleveurs (dont 22 femmes) de chèvres répartis sur les communes d’Akfadou, Chemini, Souk Oufella et Tibane. Les questionnaires portaient sur le profil socio-économique du ménage et ses activités agricoles, ainsi que les données techniques se rapportant à la production de chèvres. Il a également été procédé à la caractérisation morpho-biométrique des chèvres (18 mensurations corporelles, 3 variables qualitatives). L’analyse des structures d’élevage par classification hiérarchique ascendante (CHA) a permis de retenir quatre groupes d’élevages conservant 55,7% de la variabilité totale. Les variables considérées étaient le nombre d’animaux par espèce (chèvre, bovin, ovin, lapin, poule, dinde, ruches) et le nombre d’arbres (oliviers et figuiers) détenus. Le nombre moyen de chèvres pour chaque groupe est de 7,2±2,8, 11,1±3,5, 22,3±1,4 et 3,4±1,0. Le groupe 3, démontrant les plus grands effectifs caprins, est composé de personnes âgées en moyenne de 67 ans et ne pratiquant pas l’arboriculture. Ils possèdent également les plus importants effectifs d’ovins (48,67), de lapins (50,83), de poules (48,33) et de dindes (42). Le groupe 4, qui a les effectifs caprins les plus faibles, représente le groupe des jeunes éleveurs (moyenne ~39 ans), orientés vers l’élevage bovin (~52 têtes) et la production d’oliviers (~207 oliviers) et de figuiers (~47 figuiers). Les 18 variables morpho-biométriques étaient significativement plus élevées chez les mâles que chez les femelles (p<0,05). La chèvre kabyle est de petite taille (mâle : 68,23 cm vs femelle : 65,41 cm) et à poil long (mâle : 12 cm vs femelle 9 cm). Ses oreilles sont tombantes, le profil convexe à cassure nasale peu accentuée et sa robe va du brun foncé au noir. La riche diversité génétique des caprins locaux à Ath Waghlis souffre du manque de coordination des efforts de sélection des éleveurs, notamment du fait de l’absence de standard de la race et par l’introduction de races exotiques. Cette richesse devrait représenter un vivier utile où puiser les gènes d’intérêt pour la valorisation de la production locale, basée sur un engagement fort des éleveurs dans la production d’individus correspondant à un idéal collectivement déterminé

Ressources génétiques animales en Kabylie (Algérie)

La Kabylie est une région côtière montagneuse du nord-est algérien. Ce poster présente les principales espèces et races élevées dans cette région. Les ovins sont représentés par la race Tazegzawt, répertoriée récemment. Elle est reconnaissable à ses tâches noires à reflets bleuâtres, son nom kabyle signifiant bleu. Son poids peut dépasser 30 kg à 6 mois. La population locale de chèvres n’a pas fait l’objet de descriptions. Toutefois, la chèvre locale est adaptée aux massifs montagneux. Elle est de petite taille avec un poids vif d’environ 25 kg. Elle présente de longs poils et différentes couleurs de robe. La race bovine locale est issue de l’adaptation de la race brune de l’Atlas à un climat tempéré. Elle possède un petit gabarit (de 250 à 300 kg) et une robe grise ou allant du fauve brunâtre au rouge-brun. Par l’industrialisation de la production de volailles, les poules locales ont subi une érosion génétique sévère. Elles présentent ainsi une grande variabilité phénotypique et sont de taille moyenne (autour de 1,5kg). Le lapin local connaît une situation similaire et présente un poids de 2 à 3 kg. Il existe une tradition apicole importante en Kabylie. Les types d’abeilles exploitées ne sont toutefois pas encore caractérisés. Toutes les races citées ici sont menacées par le croisement ou l’abandon. Leur caractérisation génétique et zootechnique est nécessaire pour l’amélioration des systèmes de production familiaux, plus particulièrement en régions montagneuses, et la conservation de la biodiversité

Pigeon circovirus: baculovirus expression of the capsid protein gene, specific antibody and viral load measured by real time polymerase chain reaction

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